科学与信仰的对话构成了第二季的核心矛盾。在第三集《Proof of God》中、弗里曼与量子物理学家探讨宇宙微调理论,又走访神经科学家观察宗教体验时的大脑活动。当麻省理工学院的研究者展示"上帝头盔"如何通过磁场刺激引发神秘体验时,影片并未给出确定性结论,而是呈现了信仰在现代理性框架下的多种可能性。这种开放性思考、让不同立场的观众都能在片中找到共鸣点,也使得这部2016年播出的纪录片在今天依然具有现实意义。
第2集《Heaven and Hell》,本集深入探讨人类对死后世界的想象。弗里曼首先来到危地马拉,观看玛雅后裔重现古代地下世界仪式,随后走访美国田纳西州的"地狱体验园"、观察现代基督徒如何通过沉浸式恐怖场景理解教义。在日本京都,净土宗僧侣解释西方极乐世界的概念、而神经科学家则展示濒死体验时的大脑扫描图像。最震撼的段落是对卢旺达种族大屠杀幸存者的采访,一位 Tutsi 妇女讲述她如何在地狱般的暴行中保持对天堂的信仰,这种极端环境下的精神坚守,为"善恶有报"的普遍信念提供了沉重注脚。
第3集《Proof of God》,科学与信仰的终极对话在此集展开。弗里曼与牛津大学数学家探讨宇宙常数的"微调"现象、又在麻省理工学院体验能引发神秘体验的"上帝头盔"。他采访了经历过"天堂之旅"的心脏病患者,也记录了无神论物理学家如何从量子力学中寻找宇宙起源的解释。最具争议的片段是对智能设计论者与进化论生物学家的平行采访、双方都声称自己的理论证明了(或否定了)造物主的存在。影片最终没有给出标准答案,而是通过弗里曼的总结提问引发思考:人类对"证据"的渴求,本身是否就是神性的体现?